W grze występuje kilka sekretnych broni. Najczęstszy sposób w jaki wykonujemy bronie i wszystkie pancerze to łączenie znalezionych elementów i gotowych broni w coraz lepsze modele w warsztatach. W ten sposób możemy wykuć wszystkie ostateczne bronie wykonane z Hagane. Jednak w grze istnieje metal silniejszy (STR+2) od pozostałych. Damascus pozwalają obrabiać tylko dwa Workshopy w grze. Jeden to Metal Works w Town Center East, a drugi Godhands w Undercity West. Do drugiej kuźni dostępu broni Gold Key, ale warto się tam dostać ponieważ wspomniany warsztat obrabia wszystkie siedem dostępnych materiałów.

Rhomphia

Jest to broń używana przez większość rycerzy ciemności. Miecze są bardzo różnorodne i podzielić możemy je według materiału z jakiego wykonano ostrze, styliska czy kamieni, które wkomponowano w broń. Dullahan to pierwszy z rycerzy, który ma tę broń. Już na początku poznajemy jej siłę. Dark Crusader, którego przywołuje Grissom w Snowfly Forest wprawdzie nie posiada ostrza Rhomphia, ale jego Angel Wing jest dostatecznie wytrzymały, aby sprawić nam kłopoty. Jeszcze Nightstalker i Last Crusader władają świetnym orężem, ale żaden z nich nie pozostawia po sobie broni.

Sprawa zdobycia tych sekretnych broni przedstawia się bardzo jasno, choć miejsce, w którym powinniśmy ich szukać jest ciemne. Iron Maiden B2 to sekretny obszar, do którego mamy dostęp dopiero po zdobyciu Steel Key i Platinum Key (drugie przejście gry). Otóż jeśli będziemy odpowiednie lokacje przemierzać z punktami HP na poziomie mniejszym od 150 to zamiast zwykłych przeciwników, staną naprzeciwko nas żywe zbroje, dzierżąc w łapach poszukiwane bronie. W taki sposób możemy stać się szczęśliwymi posiadaczami najsilniejszego jednoręcznego miecza w Vagrant Story, a jeśli los nam sprzyja to już podczas pierwszej walki.

Dodatkowo na tej mapie możemy jeszcze zdobyć bardzo rzadkie magiczne kamienie (Vedivier, Berion, Gervin, Tetria, Lancer) oraz akcesoria (Balam Ring, Marlene Ring). Trzeba tylko walczyć z odpowiednimi przeciwnikami, a może akurat cenny przedmiot zasili nasze wyposażenie.

Excalibur

Tutaj sprawa jest nie mniej prosta. Przechodząc przez  znajome już IM B2 dochodzimy do IM B3, gdzie przed wejściem do nowej lokacji czekają na nas dwa wredne ogry. To właśnie w tym miejscu może zdobyć legendarnego Excalibura, takiego samego, jakim Guildenstern walczył z nami na dachu Wielkiej Katedry. Cała sztuczka polega znowu na wejściu do pomieszczenia z niską ilością HP. Jeśli nie wydrzemy dwuręcznego miecza to możemy choć dostać Elixir of Queens. W przeciwnym razie polecam cierpliwe staczanie starć aż do skutku. Kiedy poszukiwany miecz wpadnie w nasze ręce zdobędziemy również najsilniejszy gem (Arturos - po 30 do wszystkich klas) oraz najsilniejszą rękojeść (Spiral Hilt - po 25 do każdego rodzaju obrażeń).

Hand of Light

Ostatnia sekretna broń jest najtrudniejsza do zdobycia, ponieważ niemożliwe jest wygranie dwuręcznego młota z Damascus od żadnego Minotaura. Wcześniej należy zdobyć słabsze modele Hand of Light wykonane z Iron (jedna sztuka) i Hagane (dwie sztuki). Najlepiej wszystkie 3 powinny mieć maksymalne parametry Class i Affinity. Pomaga to w uzyskaniu zamierzonego celu. W takim wypadku łączymy pałkę z Iron z pałką z Hagane. Przy maksymalnych parametrach za pierwszym razem powinniśmy otrzymać pałkę Hand of Light z Silver. Jeśli to się nie uda należy spróbować ponownie. Następnie łączymy pałkę z Hagane z pałką z Silver, a wynikiem tej kombinacji powinna być pałka Hand of Light z Damascus. Niemożliwe a jednak prawdopodobne.