Chrono Cross został wyposażony w 11 różnych zakończeń, zależnych od momentu w którym pokonamy końcowego bossa (zupełnie jak w Chrono Trigger). Wszystkie zakończenia oprócz dwóch pierwszych, odkrywamy w New Game +, walcząc z Time Devourer’em, do którego dostajemy się z Opassa Beach, za pomocą Time Egg.

1. Nieoficjalne zakończenie

Zdobycie: Pokonaj tradycyjnie Time Devuorer’a pod koniec gry, gdy przechodzisz ją pierwszy raz.
Opis: Po pokonaniu Time Devourer’a, Schala znika wraz z nim w tajemniczym portalu mad Darkness Beyond Time. Pojawiają się napisy końcowe oraz Schala/Kid spacerująca ulicami naszego świata, a konkretnie współczesnej Japonii.

2. Oficjalne zakończenie

Zdobycie: Pokonaj Time Devourer’a używając Chrono Cross’a, po wcześniejszym stworzeniu łańcucha elementów, składającego się z kolorów: żółty, czerwony, zielony, niebieski, czarny i biały. Aby przeciwnik nie wpakował nam przypadkiem własnego koloru, niszczącego naszą kombinację, musimy trochę pokombinować. Podbijamy ósmy poziom elementów wszystkimi postaciami i robimy defend by mieć pełną staminę, po czym każdą z postaci używamy oddzielnie elementów danego koloru z najmniejszego poziomu. Po skończeniu łańcucha na białym elemencie przeciwnik przestanie atakować, co da nam stamine, by użyć elementu w końcu Chrono Cross’a.
Opis: Jak sama nazwa wskazuje jest to jedyne oficjalne i prawdziwe zakończenie Chrono Cross. Schala uwalnia się od Lavos’a, który zostaje ostatecznie pokonany. Dziewczyna przemawia najpierw bezpośrednio do Serge’a, a później wygłasza monolog. Serge powraca do domu, przeniesiony właśnie przez nią, żegnany przez przyjaciół, których miał obecnie w drużynie. Chłopak budzi się na Opassa Beach z niewielkimi przebłyskami pamięci i spotyka Leenę, która mówi mu, że po prostu zasnął. Dzięki braku obecności FATE oboje mogą teraz żyć szczęśliwie w nowym świecie, gdzie nikt nie jest już związany kajdanami losu. Pojawia się scenka w której widać księgę, taką samą jaką widzieliśmy w intrze. Jak się okazuje jest ona pamiętnikiem adresowanym do Serge’a, przez Schalę/Kid, która kieruje do niego słowa o tym, że kiedyś znów się spotkają, a pamięć o wspólnej przygodzie nie zaginie (początek słów bardzo przypomina też ten z zakończenia Radical Dreamers). Obok księgi widzimy zdjęcie jej autorki oraz tajemniczego mężczyznę, którego oblicze nie jest nam znane (czyżby Serge?). Pojawiają się napisy końcowe i filmik jaki widzieliśmy w poprzednim zakończeniu, wzbogacony tym razem o dodatkową scenkę w której znajoma nam dziewczyna stoi po środku skrzyżowania mijana przez japończyków, trzymając w ręku swój naszyjnik. Po napisach końcowych, ukazują się słowa: „Znajdę cię...choćbym miała przeszukać świat wzdłuż i wszerz. Kiedyś, gdzieś, jestem pewna....” Ponownie widzimy Schalę/Kid, ubraną teraz w długą, białą suknię. Dziewczyna stoi na plaży Opassa, wpatrzona daleko w błękitny ocean.

3. Dream Team

Zdobycie: Pokonaj Time Devourer’a na samym początku gry, posiadając samego Serge’a w drużynie. Nie jest to łatwa sprawa i trzeba się trochę wysilić. Najlepszym sposobem jest zarzucenia na siebie czaru MagNegate, gdyż niweluje on wszystkie ataki magiczne, a tylko takimi posługuje się nasz przeciwnik. Musimy zaopatrzyć się wcześniej w mnóstwo tego typu elementów oraz przynajmniej jeden element Recharge, pozwalający na ponowne ich użycie po wykorzystaniu. Najlepszą bronią do walki będzie tu Mastermune, którym atakujemy bezustannie, nie rzucając innych czarów jak MagNegate. Warto zaopatrzyć się też w silne akcesoria zwiększające siłę fizyczną, takie jak Sunglasses (zdobyte pokonaniu Criosphinx'a), czy też Power Seal.
Opis: Tak jak w jednym z zakończeń Chrono Trigger, mamy tutaj możliwość pogawędki z twórcami gry, przebranymi za różne postacie. Po przywitaniu przez Peppor’a i Solt’a dostajemy do dyspozycji dwa piętra Viper Manor, gdzie możemy dowiedzieć się wielu ciekawych rzeczy związanych z powstawaniem gry, przesłuchać całej ścieżki dźwiękowej, zobaczyć dialogi postaci w różnych sytuacjach, oraz parę innych ciekawostek.

4. Serge rybak i Generał Kid

Zdobycie: Pokonaj Time Devourer’a po pierwszym przeniesieniu do wymiaru Another, a przed wyprawą do Viper Manor.
Opis: Serge zostaje rybakiem w Arni i powraca z udanym połowem spotykając Leenę na molo. Miejscowy rybak rozmawia z Leeną na temat umiejętności rybackich Serge’a i jego planów na przyszłość związanych z dziewczyną. Całą scenkę widzi z oddala Kid, po czym postanawia wyruszyć samotnie do Viper Manor. Wewnątrz spotyka Lynx’a, którego pokonuje i odbiera mu Dragon Tear, omyłkowo biorąc go za Frozen Flame. Kid zostaje naczelnym generałem całego Acacia Dragoons i obejmuje całkowitą władzę w El Nido. Blond włosa wyrusza ze swoją armią na podbój Porre i państw na całym świecie, tworząc własne, rozległe imperium, Acacia Empire (jak widać kobiety są zdolne do wszystkiego hehe).

5a. Serge pracujący u Lisy i Kid szpieg

Zdobycie: Pokonaj Time Devourer’a po przygodzie w Viper Manor, w czasie gdy Kid leży chora w Guldove.
Opis: Serge zostaje pomocnikiem Lisy w jej sklepie z elementami w Terminie. Ojciec dziewczyny (znany nam jako Funguy) żartuje że oboje wyglądają na świetną parę. Po chwili do sklepu wchodzi Leena, która w myślach nie może ścierpieć, że Serge wybrał pracę u Lisy, podczas gdy sama załatwiła mu zajęcie w Terminie. Leena rzuca uszczypliwą uwagę na temat towaru który sprzedaje Lisa, co w efekcie przeradza się w wymianę docinek między dwiema (rzekomo heh) przyjaciółkami. Następnie akcja przenosi się do Viper Manor, gdzie Kid uratowana przez Noriss’a (za pomocą Hydra Humour) pracuje z nim jako szpieg. Oboje są tam incognito jako zmywacze naczyń w kuchni Belchy. Noriss dosyć przesadnie bierze rolę Kid jako szpiega, próbując ochrzcić ją mrożącymi krew w żyłach kryptonimami jak „Krwawa Róża” i „Czerwony Skorpion”. Ostatni fragment zakończenia ukazuje Pierre’a, Peporr’a i Solt’a, którzy przybywają do Fortu Dragonia, niczym nasze postacie z początku gry, (jest to swoista parodia tej sceny). Oczywiście ich „bohaterstwo” objawia się w dosyć...specyficzny sposób, więc sprawy nieco się komplikują...

5b. Serge pracujący u Lisy i konkurs piękności

Zdobycie: Pokonaj Time Devourer’a po przygodzie w Viper Manor, tuż po tym jak Kid wyzdrowiała.
Opis: Zakończenie to jest podobne jak poprzednie, za wyjątkiem nowej scenki, umieszczonej na miejscu tej z Kid i Noriss’em. Po wspomnianej sprzeczce Lisy i Leeny, w sklepie pojawia się Kid, która również zaczyna się kłócić z Lisą. Tym razem draka przeobraziła się w kłótnie o konkurs piękności w Terminie. Kid zarzuciła Lisie, że wygrała tylko dlatego bo w mieście są same brzydoty, a Lisa zripostowała to wypominając, że ta nawet nie przeszła kwalifikacji. Po chwili do sklepu wchodzi Korcha i mówi Kid, że na nią głosował. Zaczyna opowiadać jej o swoich uczuciach, nie zauważając, że dziewczyna już wyszła, a zamiast niej w sklepie pojawiła się Macha. W efekcie wszystkie romantyczne peany trafiły do matki zakłopotanego teraz chłopaka.

6. Nowi członkowie Magical Dreamers

Zdobycie: Pokonaj Time Devourer’a po przygodzie w Viper Manor, tuż po tym jak Kid wyzdrowiała, mając w drużynie Nikki’ego i Razzly.
Opis: Do sklepu Lisy w Terminie wpada rozgorączkowana Leena. Mówi przyjaciółce, że muszą pośpieszyć się na koncert Nikki’ego, bo inaczej stracą dobre miejsca. Lisa gorączkowo szuka biletów, które oczywiście zgubiła. Gdy zguba się znajduje (Lisa miała ją cały czas w portfelu) dziewczyny pędzą na plac Terminy, gdzie widzimy tłum ludzi i znajomy statek zespołu Magical Dreamers. Po chwili pojawia się Nikki i przedstawia nowych członków bandu...Kid – wokalistkę, Serge’a – perkusistę i Razzly – maskotkę.

7. Nowa przyszłość Marbule

Zdobycie: Pokonaj Time Devourer’a tuż po tym jak Serge przemienia się w Lynx’a.
Opis: Lynx (jako Serge) budzi się w Marbule, witany przez Harle. Okazuje się, że jest tam już od dłuższego czasu i zdążył zaskarbić sobie sympatię wszystkich mieszkańców. Przywódca Marbule – Sage, mówi mu, że tylko on i Harle mogą zbudować nową świetlaną przyszłość dla demi-humans i oddaje chłopakowi swoje przywództwo na wyspie. Harle zwraca się do przyjaciela, że dopóki ten nie odzyska swojego dawnego ciała, warto zrobić coś dla demi-humans i do tego czasu będzie u jego boku. Tymczasem akcja przenosi się przed wejście do Dead Sea. Widzimy tam Radius’a, Fargo i Zappę mających wymierzyć sprawiedliwość Dark Serge’owi, za wszystkie zbrodnie które popełnił. Po chwili u jego boku pojawia się kontrolowana przez niego Kid, gotowa do walki z „wrogami Serge’a”. Zanim rozpoczyna się walka, obraz ciemnieje.

8. Acacia Dragoons wyruszają na wojnę

Zdobycie: Pokonaj Time Devourer’a tuż po uratowaniu Riddel, a przed wyprawą do Hermit’s Hideaway.
Opis: W Viper Manor trwają przygotowania do wojny z armią Dark Serge’a. Generał Viper naradza się ze swoimi podwładnymi, po czym wszyscy ochoczo wyruszają na bój. Widzimy S.S. Invincible na którym Acacia Dragoons prowadzą walkę z  Dark Serge’m. Tymczasem w Marbule, Lynx (prawdziwy Serge) i Harle żyją sobie spokojnie. Nagle pojawia się Kid, która nie ma pojęcia że Lynx to tak naprawdę nie Lynx i wyzywa go na pojedynek, by „pomścić Lucce i Serge’a”.

9. Zwycięstwo FATE

Zdobycie: Pokonaj Time Devourer’a tuż po tym jak Harle odejdzie z drużyny, a przed zdobyciem Mastermune i walką z FATE.
Opis: Dark Serge i Kid wchodzą do Chronopolis. Dziewczyna wyczuwa, że ktoś ich śledzi i mówi swemu towarzyszowi, że się tym zajmie, podczas gdy ten rusza naprzód. Intruzem okazuje się być Harle, która próbuje przekonać Kid, że osoba którego ta uważa za Serge’a to tak naprawdę Lynx. Kid nie chce jednak tego słuchać i zamierza walczyć ze swą rozmówczynią. Przenosimy się do Arni Village, gdzie zdumiony starzec obserwuje jak Record of Fate złowrogo zmienia swą barwę na kolor czarny. Jeszcze raz akcja powraca do Chronopolis. Widzimy tam Dark Serge’a, cieszącego się z urzeczywistnienia swojego planu odzyskania Frozen Flame i stania się FATE.

10. Szkoła Viper’a i Bar Viper’a

Zdobycie: Pokonaj Time Devourer’a na drugiej płycie, po zdobyciu Mastermune, a przed walką z FATE.
Opis: Najzabawniejsze chyba zakończenie w grze. Pierwsza część pokazuje nam Viper Manor, które zostaje przerobione na szkołę dla dzieci. Dyrektorem szkoły zostaje Viper, a pomagają mu między innymi Dario i Riddel. Były generał, teraz belfer, mówi zgromadzonym tam dzieciakom by „ciężko pracowały i dobrze się bawiły”, po czym zaczyna się śmiać. Dario i jeden z Acacia Dragoons rozmawiają o pomyśle utworzenia grupy młodych Dragoon’ów, kosztach z tym związanych i o tym by nie wspominać o niczym Riddel. Oboje również przerywają sobie co chwilę rozmowę radosnym chichotem. W drugiej części zakończenia widzimy Dark Serge’a, Kid i Harle, wchodzących do Terminy. Cała trójka postanawia odpocząć w barze Dragon Tail (zwanym teraz Viper Bar). Wewnątrz pracuje obsługa w postaci: Lucci – barmanki, Peppor’a i Solt'a – kelnerów oraz Karsha i Marcy, jako osoby do towarzystwa. Wszyscy zasiadają do stołów. Serge zamawia piwo, jednak Harle z charakterystycznym dla siebie urokiem mówi mu, że jako siedemnastolatek jest na nie za młody (przynajmniej ciałem, bo duszą wciąż jest Lynx’em). W ostateczności Serge i Kid zamawiają napój z kwiatu Bellflower zwany Galaxy Night, a Harle „mieszankę z gór Denadoro”. Następuje seria zabawnych dialogów (polecam zobaczyć je samemu bo niektóre zwalają z nóg), po czym do baru wchodzi...grupa kosmitów z rasy z której pochodzi Starky. Marsjanie, ufoludki (jak kto woli) zamawiają „wszystkie płyny jakie się tu znajdują” i po ich wypiciu stwierdzają, "że na tej plancie nie ma płynów z ważnymi substancjami", przez co mogą ją zaatakować. Wstrzymują się jednak, czekając na powrót swojego towarzysza, który dokładniej skontaktował się z ludźmi (chodzi tu o Starky’ego), po czym zaczynają dziwnie mówić (mówiąc wprost, opili się...). W tym czasie Kid i Harle opuszczają bar, a Serge zostaje by zapłacić rachunek. Gdy Luccia pokazuje mu kwotę ten nie dowierza, twierdząc, że jest tam o jedno zero za dużo, po czym pewny siebie idzie na zaplecze, by wyjaśnić sprawę. Tam spotyka go Zoah, jeszcze bardziej pewny siebie, gotów wyegzekwować dług...

11. Zagłada ludzkości

Zdobycie: Pokonaj Time Devourer’a po pokonaniu FATE, gdy Terra Tower unosi się w powietrzu.
Opis: Dragon God, przywódca dwarf’ów i Sage, przywódca demi-humans spotykają się na szczycie Sky Dragon Isle. Zgodnie z rozkazem stwora, przywódcy obu ras zebrali wszystkie siły, by unicestwić rasę ludzką, za wszystkie krzywdy jakie wyrządziła im i planecie. Przywódca dwarf’ów jest bardzo zadowolony, podczas gdy Sage ma wątpliwości co do słuszności tego czynu. Zagłada ludzi dokonuje się jednak i demi-humans oraz inne „poza ludzkie” rasy władają teraz El Nido. Pod koniec widzimy Harle przechadzającą się po Arni, gdzie nowi mieszkańcy cieszą się z powodu śmierci ludzi. Harle mija ich bez słowa, po czym idzie na Cape Howl gdzie znajduje się grób Serge’a i reszty jej przyjaciół i kładzie na nim kwiaty.