Poniższe streszczenie napisałem z myślą o tych, którzy nie mają GBA, są zbyt uczciwy by grać na  emulatorze, lub po prostu nie chce im się grać w Kingdom Hearts: Chain of Memories, a mimo to chcą lepiej zrozumieć fabułę Kingdom Hearts II. Jeśli planujesz grać w KH:CoM, to odradzam czytania tego artykułu, ze względu na SPOILERY.
Pamiętaj czytasz na własną odpowiedzialność.

Sora, razem ze swoimi przyjaciółmi, Donaldem i Goofim, pokonali Ansema, poszukiwacza ciemności, a następnie zamknęli drzwi do  ciemności, powstrzymując plan czarnoksiężnika, by zalać wszystkie światy ciemnością. Jednak to nie koniec przygody powiernika klucza. Sora, Donald i  Goofy rozpoczynają nową wyprawę, by odnaleźć Riku i króla Mikiego, którzy zostali po drugiej stronie drzwi do ciemności. Pewnej nocy trójka podróżników doszła do skrzyżowania, na której Sora spotyka tajemniczego mężczyznę w czarnym płaszczu „Tam leży coś, czego potrzebujesz” zaczął wskazując jedną z dróg, „ale by to zyskać musisz stracić coś cennego”. Wskazana droga doprowadziła do Castle Oblivion.

Po wejściu do zamku, Sora, Donald i Goofy ponownie spotykają mężczyznę w czerni. „W Zamku Zapomnienia zyskać to stracić, a stracić to  zyskać” rzekł mężczyzna, oddając kartę, klucz do pierwszego piętra zamku. Zamek Zapomnienia, to 13 pięter nad ziemią i 12 podziemi. Kolejne piętra otwierane są przez karty, które powstają na podstawie wspomnień o światach, które kiedyś przebywający w zamku odwiedził. Owe karty tworzą na piętrze światy ze wspomnień, z których zostały utworzone. Otrzymana karta utworzyła świat Traverse Town. Mimo iż Sora dobrze pamięta całe miasto, to jego mieszkańcy, którzy są też przyjaciółmi Sory, nie poznają go. Rzeczywistość światów w zamku szybko zostaje wyjaśniona. Wszystkie światy (i ich mieszkańcy), które zostaną utworzone na kolejnych piętrach, to wymysły wyobraźni Sory, wspomnienia zaklęte w kartach. Wszystko, co się w nich dzieje, są bazowane na wydarzeniach, które Sora kiedyś przeżył w danym świecie. To, co przeżywa ponownie jest iluzją, wymysł samego Sory. Mimo to, nadzieja na odnalezienie Riku i króla popychała Sorę, i jego przyjaciół, przez kolejne piętra.

Ale zamek ukrywa jeszcze jeden sekret. Idąc, przez kolejne piętra Sora zaczyna zapominać część swoich wspomnień, ale także zaczyna przypominać to, co zapomniał. I tak wróciły wspomnienia o Naminè, dziewczynce, z którą wychował się na wyspie razem z Riku, ale z nieznanych powodów musiała się wyprowadzić. Mając nadzieję przypomnieć sobie więcej szczegółów o  zapomnianej przyjaciółce, Sora przyspiesza wspinaczkę. Ale nie wie, iż zapłaci za to ogromną cenę, zapominając o Kairi. Zaś samo przybycie Sory do zamku, zostało zaplanowane przez grupę spiskowców, należących do grupy Organizacja XIII. Cała trójka spiskowców, Axel, Larxene, oraz przywódca spisku, Marluxia, pan Zamku Zapomnienia, chcą przejąć kontrolę nad Sorą, a następnie wykorzystując moc powiernika klucza przejąć kontrolę nad Organizacją.

Gdy plan nabiera rozpędu, do spiskowców dołącza Vexen. Jednak nie przybył, by pomóc spiskowcom, ale przeszkodzić im, w przejęciu kontroli nad Organizacją. Gdy dołącza do spisku, Sora spotyka Riku. Niestety nie jest to wesołe spotkanie. Riku nie chce dopuścić Sory do Naminè, przez co  dochodzi do walki między nimi. Na razie górą jest Sora. W międzyczasie spisek Vexena zostaje wykryty przez Marluxie. Nie mając wyboru, Vexen postanawia zająć się Sorą własnoręcznie, otwierając mu drzwi do Twilight Town. Miasteczka, które powstało z ciemnej strony serca Sory. W środku dochodzi do walki Vexena, z  Sorą, którą Vexen przegrywa. Na ostatkach sił próbuje jeszcze wyjawić cały plan Marluxii, ale i to się mu nie udaje. Przerywa mu Axel, który wykańcza Vexena.

Po wyjściu z Twilight Town, Sora ponownie spotyka Riku. Podczas walki okazuje się, iż obydwaj złożyli taką samą obietnicę Naminè i  otrzymali od niej identyczne talizmany. Mimo to walka trwała nadal, po której Riku uciekając gubi swój talizman, który zmienia się w kartę. Zakłopotani całą sytuacją, Donald i Goofy zostają w tyle, zaś Sora postanawia iść dalej bez nich. Karta utworzyła Destiny Islands, dom Sory. W międzyczasie Marluxia i  Larxene, przekonani, iż nic nie przeszkodzi ich planu, pozostawiają Naminè pod opieką Axela. Jednak ten wykonuje ruch, który staje się pierwszym krokiem do  klęski Marluxii. Naminè zostaje uwolniona.

Sora, będąc na Destiny Islands, ponownie przeżywa zniszczenie wyspy przez Heartless. W końcu też spotyka Naminè. Ale Naminè, o  którą sobie przypominał i jaką znał, nie istnieje. Wszystko to kłamstwa, które utrzymywały Sorę w zamku. W końcu Sora opuszcza wyspy, by ponownie spotkać na  korytarzu Naminè. Niestety pojawia się Riku, z którym ponownie dochodzi do  walki. Tym razem górą jest Riku, ale przed śmiercią Sorę ratuje Naminè, łamiąc serce Riku. Ale to nie koniec niebezpieczeństwa. Pojawia się Larxene, która wyjawia całą prawdę o tym, co się dzieje w zamku. Naminè, jaką Sora sobie przypominał, nie istnieje. Wszystko, co o niej wie, to kłamstwa, które sama Naminè, pod przymusem Marluxii, stworzyła na podstawie wspomnień o Kairi, której Sora już nie pamięta. Sama Naminè to młoda wiedźma, potrafiąca manipulować pamięcią innych osób. Zaś sam Riku, który teraz leży nieprzytomny, to Replika, którą stworzył Vexen, by rozprawił się z Sorą. Wyjawiwszy wszystko, Larxene pozostało jedynie wyeliminować Sorę, ale z pomocą przybywają Donald i Goofy. Wspólnymi siłami cała trójka pokonuje Larxene. Znając już prawdę, Sora postanawia wybaczyć to, co zrobiła Naminè. Jednak, żeby przypomnieć to, co zapomniał, Sora musi pokonać Marluxie, który wciąż może spróbować przejąć kontrolę nad powiernikiem klucza. Naminè zostaje z Riku, a Sora z przyjaciółmi wchodzą na  ostatnie piętro.

Zanim dojdzie do ostatniej potyczki z Marluxią, na drodze staje Axel, ale zostaje pokonany, jednak udaje się mu uciec w ostatniej chwili. Osamotniony Marluxia wykorzystuje swe sztuczki. Porywa ponownie Naminè i  rozkazuje jej wymazać całą pamięć Sory. Ale z pomocą przybywa Riku. Tym razem Marluxia musiał walczyć, ale przeciwko wybrańcy klucza nie miał szans. Ostatecznie zostaje pokonany, a cały jego plan kończy się fiaskiem. Mimo iż Riku zdołał ocknąć się, nie może pogodzić się z faktem, iż jest Repliką, nieprawdziwym Riku. Samotnie opuszcza Sorę i Naminè. Bez zagrożenia ze strony Marluxii, Sora może odzyskać zapomniane wspomnienia, ale by tak się stało musi zapomnieć o wszystkim, co się wydarzyło w zamku, w tym o Naminè. Mimo to Sora postanawia wrócić do starego stanu. Razem z Donaldem i Goofy zapadają w sen, który ma odnowić to, co zostało zapomniane.

Zanikające wspomnienia,
Odbudowane wspomnienia,
Oraz sen,
Sen o tobie,
W świecie bez ciebie.

Ansem został pokonany, a Riku odzyskał kontrolę nad własnym ciałem. Ale by zamknąć drzwi do ciemności, Riku postanowił zostać z królem Mikim po drugiej stronie. Jednak, gdy Sora, oraz król zamknęli drzwi, Riku i Miki zostali rozdzieleni. Młodzieniec, niewiadomo dokładnie jak, został przeniesiony do podziemnej części Castle Oblivion. Jednak to nie jedyne zmartwienie Riku. Mimo iż jego wola jest wolna, to nie był jeszcze do końca wolny od Ansema. Cień czarnoksiężnika zdołał zagnieździć się głęboko w sercu Riku i, mimo iż jest teraz osłabiony, może się ponownie przebudzić i ponownie przejąć kontrolę nad Riku. Strach przed przebudzeniem czarnoksiężnika uniemożliwia wykorzystanie przez Riku swych ciemnych mocy.

Od chwili pojawienia w zamku, Riku towarzyszy tajemniczy Głos, który zaczyna prowadzić go przez zamek. Pierwsza karta, którą otrzymuje od Głosu, otwiera drzwi do Hollow Bastion. Tak jak w przypadku Sory, świat, w  którym przebywa, jest iluzją, która powstała ze wspomnień Riku o danym świecie. Jednak Hollow Bastion, w którym przebywa, jest pusty. Jedynymi istotami, jakie spotyka, są Heartless, a jedynym jego towarzyszem, jest Głos. Ale w końcu spotyka jedynego mieszkańca Bastionu. Jest nim Maleficent, która pojawiła się przed Riku jako oznaka niezatartej ciemności w sercu Riku. Po pokonaniu wiedźmy, Riku w końcu opuszcza Hollow Bastion, by na korytarzu spotkać Głos we własnej osobie. Okazuje się nim Ansem. Czarnoksiężnik ponownie próbuje namówić Riku, by ten przeszedł na ciemną stronę, ale młodzieniec wie, co oznacza ingerowanie z ciemnością i odrzuca ofertę czarnoksiężnika. Mimo to, Ansem przekazuje nowe karty. Światy w nich zamknięte są tak samo puste jak Hollow Bastion. Jedynie spotka w nich Heartless, oraz osoby, które są związane z  ciemnością Riku. Ale Riku nie jest sam. Mimo oddzielającej odległości, król Miki nawiązuje z Riku więź telepatyczną. Mając wsparcie u króla, oraz część jego mocy, Riku zyskuje nową siłę, do walki z Ansemem. Ale czarnoksiężnik nie  jest jedynym przeciwnikiem w zamku.

Obecność Riku została szybko wykryta, przez 3 członków Organizacji XIII: Vexena, Lexaeusa i Zexiona. Cała trójka ma świadomość, iż Marluxia chce, przy pomocy Naminè, uczynić Sorę swoją marionetką i wykorzystać go do przejęcia kontroli nad Organizacją. By do tego nie dopuścić, postanawiają wykorzystać Riku do własnych celów. Pierwszy do walki z młodzieńcem staje Vexen. Jednak całą walkę wykorzystuje do zebrania potrzebnych mu danych. Z nich zostaje później utworzona Replika Riku, który zostaje przetestowany na  oryginale. Mimo iż Replika nie posiada jeszcze dużej siły, za to jego umiejętności władania siłami ciemności przewyższają te oryginału. Zadowolony z  wyniku eksperymentu, Vexen przenosi się do wydarzeń na ziemnych, gdzie dzięki Naminè zostaje wymazana stara pamięć Repliki, a wstawione nowe, fałszywe wspomnienia.

Jednak spisek Vaxena przeciwko planowi Marluxii zostaje wykryty, po czym Vexen zostaje zabity przez Axela. Jego śmierć zmusza Lexaeusa do działania. Staje on do walki z Riku, ale zostaje łatwo pokonany. Jednak używając ostatnich sił, Lexaeus wtrąca Riku do krainy ciemności. Tam następuje przebudzenie Ansema. Na szczęście interwencja króla Mikiego ratuje Riku przed  ponownym opętaniem przez czarnoksiężnika. Mimo iż wciąż ma nad sobą panowanie, Riku wyczuwa, jak Miki walczy w nim z Ansemem.

W miedzy czasie Marluxia zostaje pokonany przez Sorę. Osamotniony Zexion postanawia więc pozbyć się niepotrzebnego już Riku, doprowadzając go do Destiny Island. Idąc przez swój dom, Riku spotyka swoich przyjaciół, ale oni po chwili znikają bez słowa, nawet Kairi. W końcu spotyka też i Sorę, który obwinia go za zniszczenie wysp i przejście na ciemną stronę. Mimo, iż Sora chce go zabić, Riku nie chce walczyć z przyjacielem. W końcu Sora otacza go w świetle, w którym Riku zaczyna znikać. Przed unicestwieniem ratuje go wizja Kairi, namawiająca go, by nie bał się już swojej ciemności. Odzyskawszy przekonanie, do swych ciemnych mocy, Riku przejrzał przez kamuflaż Zexiona, dla którego zwycięstwo było już poza zasięgiem. Mimo iż Riku nie  zdołał zadać ostatecznego ciosu, Zexion został zabity przez Replikę Riku, nasłanego przez Axela.

W końcu Riku spotyka osobiście króla Mikiego. Ale nie ma czasu odpoczywać. Teraz, gdy Riku nie boi się użyć ciemnych mocy, przebudzenie Ansema jest jeszcze groźniejsze. Karta, którą Riku otrzymuje od króla, utworzyła świat Twilight Town. Wewnątrz Riku jest ponownie bez pomocy króla, co  gorsze pojawił się Ansem, ale to nie ten sam Ansem, który jest wewnątrz Riku, ale ktoś za niego przebrany. Nieznajomy przedstawia się jako DiZ. Doradza on Riku, by poszukał Naminè, która może mu pomóc pokonać Ansema. Idąc przez  miasto, Riku spotyka swoją Replikę. Mając zmienioną pamięć, nie może zaakceptować faktu, iż jest repliką. By oczyścić się z tego faktu, widzi dla  siebie jedyną nadzieję, zastępując oryginał, wpierw go eliminując. Mimo równych sił, zwycięża prawdziwy Riku, a Replika ostatecznie kończy „udawane” życie. W  końcu Riku odnajduje Naminè, a także śpiącego Sorę, który regeneruje swoje utracone wspomnienia. Tak jak Sora, także i Riku musi wybierać. Żeby Ansem został uśpiony, Riku musi o nim zapomnieć, także zapominając o całej swojej przygodzie. Jednak Riku postanowił zrezygnować z pomocy Naminè i postanawia sam własnoręcznie rozprawić się z Ansemem. Poprosił jedynie Naminè, by zaopiekowała się Sorą.

W walce z Ansemem ponownie pomaga DiZ. Riku otrzymuje od niego kartę, która mam wywabić czarnoksiężnika na zewnątrz, gdzie może być uśpiony po walce z nim. Tym razem Riku pomaga król Miki. Wspólnymi siłami pokonują Ansema, który ponownie zapada w długi sen. Ale groźba jego powrotu wciąż jest realna, ale Riku może liczyć na pomoc króla. Razem opuszczają zamek i  rozpoczynają podróż nową drogą, drogą do wschodu.

Idąc tą drogą,
Bez ciebie,
By odnowić zapomniane obietnica
I spotkać cię na końcu drogi.